سيكون خمسة عشر فريقا فقط في الدور 16 لمسابقة كأس جلالة الملك المفدى للموسم الرياضي 2011 ? 2012م بسبب العقوبة المفروضة على الحد من قبل لجنة الانضباط باتحاد الكرة بعد تخلفه عن مباراته مع المحرق في الدور نصف النهائي لمسابقة الموسم الفائت، حيث قررت اللجنة إضافة إلى الغرامة المالية حرمانه من المشاركة في مسابقة الموسم الحالي، وقد أيدت لجنة الاستئناف ما ذهبت إليه الانضباط بعد احتجاج الحد على القرار، فإضافة إلى التسعة فرق من الدرجة الأولى ستنضم الأندية الثلاثة المتأهلة من الدرجة الثانية التي فازت في الدور التمهيدي وهي التضامن والبديع ومدينة عيسى، والأخير فاز على سترة بالانسحاب لاعتذار الأخير عن الحضور بعد انتهاء الوقت المحدد للمباراة، وسيقيم اتحاد الكرة قرعة دور الستة عشر الأسبوع المقبل وهو ما يعني أن أحد الفرق سينتقل إلى دور الثمانية مباشرة إذا خدمته القرعة، وبالذات ليس هناك في اللائحة ما يشير إلى تأهل بطل النسخة الماضية أو بطل الدوري تلقائيا إلى الدور التالي، والفرق المتأهلة إلى دور 16 هي الرفاع - البسيتين - الأهلي - المحرق - النجمة - الرفاع الشرقي - المنامة - الحالة - البحرين - المالكية - الشباب - الاتحاد - البديع - التضامن - مدينة عيسى.