أوصت لجنة التحقيق في تجاوزات مستشفى الملك حمد بالتالي:
- إحالة كل ما يتعلق بإجراءات التعاقد عبر مراحل تنفيذ المشروع المختلفة إلى الجهات المعنية بالتحقيق المالي والإداري، للتأكد من تطبيق أحكام قانون تنظيم المناقصات والمزايدات رقم (36) لسنة 2002 والمعدل بالقانون رقم (29) لسنة 2010 وتحديد المسئول عن أي تجاوز لتلك القواعد والأحكام ومحاسبته.
- إحالة ما يثبت من تجاوزات مالية بشأن إهدار المال العام والإضرار بالمصلحة العامة إلى النيابة العامة.
- إحالة المسئولين في الوزارات المعنية بتنفيذ المشروع إلى التحقيق الجنائي حال ثبوت تجاوزات إدارية ومالية، وإضرار بالمال العام والمصالح العامة للدولة في ضوء التحقيقات الإدارية. - تحميل المسئولين بوزارة الأشغال والشركة الاستشارية للمشروع (الشركة الاسترالية) المسئولية عن التأخير في إنجاز المشروع وتسليمه في المواعيد المحددة، فضلا عن مسئوليتها عن جزء كبير من زيادة كُلفة إنشاء المشروع، لتوقفه فترات طويلة نتيجة أخطاء في التصميمات وضعف خبرة استشاري المشروع.
- إنهاء الالتزامات المالية التي تقاعست وزارة الأشغال عن سدادها للجهات المنفذة للمشروع.
- إعادة هيكلة الجهة المنوطة بها تنفيذ مشاريع البناء الحكومية.
- تشديد الرقابة المالية والإدارية والفنية على المشاريع الحكومية.
- الرجوع بالإضرار المادية - المبالغ المالية المهدرة - التي ثبت حدوثها والتي لحقت بالدولة على المتسببين بها بالتضامن فيما بينهم، وتحديدا مسئولي الوزارات المعنية بتنفيذ المشروع والشركة الاسترالية (استشاري المشروع) وملاحقتهم قضائيا.
- الرد على توصيات اللجنة في مدة أقصاها شهر من رفع هذا التقرير.
- مكافأة العاملين بقوة الدفاع الذين عملوا على استكمال مشروع المستشفى.
- إشراف وزارة الدفاع والداخلية على المشاريع الاستراتيجية.
ثم رفع التوصيات إلى الحكومة.